مادرانی که در دوره ی بارداری به بعضی از بیماریهای مهم عفونی مبتلا شوند، ممکن است نوزادانی معیوب به دنیا بیاورند. از جمله مهم ترین این بیماری ها می توان به سرخجه، هپاتیت، ایدز، سیفلیس، توکسوپلاسموز و عفونت رحم اشاره کرد.
ابتلای مادر به بعضی بیماری ها و مهار نشدن آن ها در دوران حاملگی اثراتی منفی بر سلامت جنین خواهد گذاشت.
دیابت(بیماری قند)، فشارخون، کم خونی، بیماری های غدد(مثل گواتر) و سوءتغذیه، از جمله شایع ترین این مواردند.
اعتیاد به سیگار، الکل و سایر مواد، و مصرف بعضی داروها و سموم نیز تأثیرات مخربی بر جنین دارند. هم چنین قرار گرفتن مادر تحت تأثیر اشعه ی ایکس در زمان بارداری، برای جنین خطرناک است.
وجود اشکالاتی در شکل و اندازه ی رحم و وارد آمدن فشارهای غیرطبیعی به جنین از طرف بندِ ناف نیز می تواند نقایصی ایجاد کند.
بعضی بیماری ها جنبه ی ارثی دارند؛ به این معنا که در موقع تشکیل نطفه، ژن معیوبی از طرف پدر یا مادر یا هر دو به جنین منتقل شده است. ژن های معیوب حامل بیماریهای مختلفی هستند که از والدین به فرزند به ارث می رسند.
حدود ۲۰ تا ۲۵ درصد نقایص نوزادان به سبب اختلالات ارثی ژن هاست. هم چنین ممکن است ژن های والدین سالم باشند ولی پس از تشکیل نطفه، در حین ترکیب و تقسیم ژن ها اشکالاتی بروز کند که به ایجاد بیماری هایی مثل منگولیسم منجر شود.
در صورتی که سن مادر در زمان حاملگی کمتر از ۱۶ یا بالاتر از ۳۵ سال باشد، احتمال معیوب شدن نوزاد بیشتر است. مادرانی که دچار بیماری هایی مثل دیابت، فشارخون یا کم خونی هستند یا از سوءتغذیه رنج می برند یا گرفتار اعتیادند، نوزادانی در معرض خطر به دنیا می آورند. عفونت ها یا وارد آمدن ضربه، قبل یا هنگام زایمان نیز عامل مهمی است. نوزادان نارس و چندقلو بیش تر آسیب پذیرند. زایمان مشکل که به قطع تنفس نوزاد منجر شود نیز عامل آسیب زای مهمی به شمار می آید.
آمار نشان می دهد نوزادانِ مادران طبقات پایین جامعه در معرض خطر بیش تری قرار دارند. مادرانی هم که در دوره ی حاملگی تحت فشارها و تنش های عصبی باشند، نوزادانی آسیب پذیر به دنیا می آورند. اگر در خانواده ای بیماری های ارثی وجود داشته باشد، احتمال آن که این کودک هم دچار همان بیماری شود، وجود دارد.
