به طور طبیعی، مدفوع نوزاد در نخستین روزهای پس از تولدش سبز یا سیاه است و حالت چسبندگی دارد. دلیل آن هم دفع مکونیوم است که در دستگاه گوارش در طول بارداری تجمع یافته است. نوشیدن شیر مادر در روزهای نخست به دلیل داشتن آغوز به پاکسازی دستگاه گوارش کمک می کند. بعد از این مدت میزان مدفوع نوزاد به میزان تغذیه ای که دارد بستگی دارد. در هفته اول بعد از تولد مدفوع کم کم قهوه ای و بعد زرد می شود.
از هفته دوم نوزاد روزانه ۱ تا ۳ بار مدفوع می کند و گاهی به بیش از ۱۰ مرتبه هم می رسد اما از هفته ششم این میزان به تدریج کم می شود و به یک بار در روز کاهش می یابد. زور زدن و سرخ شدن نوزاد هنگام دفع حالتی طبیعی است و نباید نگران شوید. بعد از این مدت اگر رنگ مدفوع قرمز یا سیاه یا خشک و سفت شد، باید با متخصص مشورت کرد. حالت و رنگ مدفوع ارتباط مستقیمی با رژیم غذایی نوزاد دارد. نوزادانی که شیر مادر می خورند مدفوع زرد و شل تری دارند. کودکانی که غذای جامد می خورند هم به مرور مدفوع تیره تر و سفت تری خواهند داشت.