با توجه به اینکه آی وی اف روش جدیدی است، امکان مطالعات دراز مدت درباره عوارض احتمالی آن در طولانی مدت وجود نداشته است. با این وجود نوزادانی که به کمک روش آی وی اف به دنیا می‌آیند ممکن است کوچکتر از حد متوسط باشند.
نوزادانی که هنگام تولد کمتر از ۲ کیلوگرم باشند بیشتر در معرض خطر فشار خون بالا، بیماری‌های قلبی، سکته مغزی و پوکی استخوان در سنین بزرگسالی هستند. این احتمالا به این دلیل است که انطباق بدن‌شان با شرایط محیطی بعد از تولد سخت‌تر است.
شواهدی از تاثیر عوامل محیطی موجود در رحم، محل لقاح و بلافاصله بعد از لقاح روی عملکرد ژن‌های فرد در سنین بعدی زندگی وجود دارد. این تاثیر عوامل محیطی، اپی‌ژنتیک نامیده می‌شود.
تغییرات اپی‌ژنتیکی خاصی طی آی وی اف در هر دو سلول تخمک و اسپرم اتفاق می‌افتد که می‌تواند روی سلامت نوزاد در آینده تاثیر بگذارد. با توجه به جدید بودن اپی‌ژنتیک، مطالعات گسترده‌تری لازم است صورت گیرد.
با این وجود، مطالعات آماری مختلفی که تاکنون در این زمینه انجام شده است، هیچ تفاوت قابل ملاحظه‌ای در وزن هنگام تولد، سلامت عمومی، میزان رشد، ضریب هوشی و… بین نوزادانی که به روش‌های طبیعی به دنیا آمده‌اند با نوزادانی که از طریق آی وی اف به دنیا آمده‌اند نشان نداده است.
در بسیاری از مطالعات میزان ناهنجاری‌های مادرزادی در گروه شاهد (نوزادانی که به روش طبیعی به دنیا آمدند) حدود ۴% بوده است، در حالیکه این میزان در نوزادانی که با IVF به دنیا آمده‌اند حدود ۶% بوده است. بسیاری از والدینی که شانس بارداری طبیعی برای آنها محدود است این ۲% افزایش خطر را قبول می‌کنند و آن را معقول می‌دانند.
کودکانی که از مادران مبتلا به کم کاری تیروئید به دنیا می آیند هوش کمتری دارند…
زنانی که آنتی بادی تیروئید شان (Anti TPO) بالا است و قرار است تحت IVF قرار گیرند، میزان باروری پایین و افزایش سقط خودبه خودی را تجربه خواهند کرد که با لووتیروکسین قابل پیشگیری است.
زنانی که تحت درمان هیپو تیروئیدی قرار دارند نیازمند افزایش تیروکسین در حین بارداری هستند که این افزایش باید از هفته پنجم بارداری اعمال شود